配合組織改造法案立法進度，並兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素，各新機關啟動時程如下：
行政院院本部及法務部、客家委員會、中央銀行、國立故宮博物院、中央選舉委員會等5機關於101年1月1日施行。
行政院主計總處、行政院人事行政總處、公平交易委員會等3個機關於101年2月6日施行。
文化部於101年5月20日施行。
金融監督管理委員會於101年7月1日施行。
國家通訊傳播委員會於101年8月1日施行。
外交部、僑務委員會於101年9月1日施行。
國防部、財政部及教育部於102年1月1日施行。
衛生福利部於102年7月23日施行。
國軍退除役官兵輔導委員會於102年11月1日施行。
國家發展委員會於103年1月22日施行。
勞動部於103年2月17日施行。
科技部於103年3月3日施行。
原住民族委員會於103年3月26日施行。
海洋委員會於107年4月28日施行。
促進轉型正義委員會於107年5月31日施行。
大陸委員會於107年7月2日施行。
科技部於111年7月27日調整為國家科學及技術委員會。
數位發展部於111年8月27日施行。
農業部於112年8月1日施行。
環境部於112年8月22日施行。
交通部於112年9月15日施行。
內政部於112年9月20日施行。
經濟部於112年9月26日施行。
行政院原子能委員會於112年9月27日改制為核能安全委員會（相當中央三級獨立機關）。
運動部於114年9月9日施行。
未來除配合立法院分批完成立法，依立法進程陸續施行外，本院仍將積極協調立法院儘速完成各項新機關組織法案的立法作業，於籌備妥當後陸續於101年1月1日以後啟動。目前本院所屬中央二級機關如下：
行政院
內政部
外交部
國防部
財政部
教育部
法務部
經濟部
交通部
勞動部
農業部
衛生福利部
環境部
文化部
數位發展部
運動部
國家發展委員會
國家科學及技術委員會
大陸委員會
金融監督管理委員會
海洋委員會
僑務委員會
國軍退除役官兵輔導委員會
原住民族委員會
客家委員會
行政院公共工程委員會
行政院主計總處
行政院人事行政總處
中央銀行
國立故宮博物院
中央選舉委員會
公平交易委員會
國家通訊傳播委員會